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高通量聲波基因組剪切儀高效助力人全血DNA超聲實(shí)驗應用

更新時(shí)間:2024-08-01   更新時(shí)間:2024-08-01   點(diǎn)擊次數:175次

  實(shí)驗目的:此次實(shí)驗樣品為人全血DNA;需要對生物DNA生物樣本需要打斷到150-300bp進(jìn)行后續的測序建庫實(shí)驗,為得到這一片段長(cháng)度下的樣本,需進(jìn)行梯度預實(shí)驗。


  實(shí)驗設備:高通量聲波基因組剪切儀 JXDNA-500PICO

  

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  樣品前處理實(shí)驗操作過(guò)程:

  

  1.在實(shí)驗開(kāi)始前,需要先提前準確好實(shí)驗超聲波剪切設備以及實(shí)驗所需應用的耗材和若干的實(shí)驗樣品


  2.將適配器放入水槽中,再打開(kāi)冷水機對其進(jìn)行預冷直至4度

  

  3.對生物樣本進(jìn)行稀釋?zhuān)瑢⑵?span style="font-size: 16px; text-wrap: wrap;">稀釋到同一濃度


  4.把稀釋好的同一濃度的DNA樣本按照體積梯度將其投入樣品離心管內,標好編號,震蕩離心

  

  5.把帶有樣品的離心管放入儀器的適配器內,但要注意水平配平,盡量將樣品放置在適配器外圈

  

  6.啟動(dòng)儀器,調節程序運行參數,設置好能量,工作時(shí)間,間隙時(shí)間,循環(huán)工作,總時(shí)長(cháng)梯度為17min,20min,25min

  

  7.待儀器程序運轉結束后,即可取出樣本,進(jìn)行電泳檢測

  

  實(shí)驗操作注意事項:

  

  1.同等條件下人體DNA樣本的打斷難度大于小鼠大于植物,而不同的實(shí)驗樣品需單獨進(jìn)行預實(shí)驗,不可混用實(shí)驗結果

  

  2.注意樣品離心管內的樣本體積,需確保儀器內水位要蓋住樣品

  

  3.離心管需要配平,適配器壓蓋禁止傾斜,避免樣本開(kāi)蓋污染


  4.冷水機需要提前打開(kāi)預冷,水流循環(huán)要調整穩定不能過(guò)于激烈

  

  樣品前處理實(shí)驗結果:


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  綜上結果可見(jiàn),樣品投入量能影響檢測熒光強度,超聲打斷時(shí)間能影響片段長(cháng)度。綜合下機樣品的片段長(cháng)度和熒光強度,以及片段集中性,選擇20μL打斷25min作為實(shí)驗條件。


  在高通量測序樣本制備過(guò)程中,DNA片段化處理是一個(gè)核心步驟。因此隨機、準確、集中無(wú)偏差的DNA片段化是保證DNA文庫質(zhì)量和均一性的關(guān)鍵一步。高通量聲波基因組剪切儀采用等溫、非接觸的方式對樣品進(jìn)行打斷、勻漿和混合,為DNA片段化又提供了新的研究手段,進(jìn)一步推動(dòng)了分子生物學(xué)的研究發(fā)展。

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